Os fósseis são os restos de organismos passados que foram sepultados por processos geológicos em estratos rochosos. Variam desde grãos de pólen até esqueletos de dinossauros gigantes ou baleias. A vida pode ser preservada de muitas formas e os fósseis variam desde vagos vestígios de atividades passadas (tais como pegadas ou tocas) os da química de organismos (biomoléculas) até organismos encapsulados (como insetos presos no âmbar). A maioria dos processos de preservação envolve a perda considerável de informações sobre os organismos. O registro fóssil mostra, porém, que a vida começou no mar a cerca de 3,8 bilhões de anos e, a partir de cerca de 543 milhões de anos atrás, diversificou-se à medida que ia colonizando, em sucessão, a terra, a água doce e o ar. Entretanto, o registro é altamente tendencioso a favor de organismos marinhos com partes duras, como as conchas. Ao estudarem os processos de sepultamento e fossilização, os cientistas puderam buscar exemplos raros de fósseis nos quais as partes moles foram preservadas. Por exemplo, os fósseis Burgess Shale, no Canadá ocidental, muito bem preservados (ver a direita), oferecem uma visão melhor da diversidade total de vidas do passado e de sua biologia.
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